Фамилия Кукес — один из тех случаев, когда за коротким звучанием кроется сразу несколько возможных историй, и выбор между ними — уже маленькое исследование. Самое вероятное объяснение ведет нас на юг, в тюркские языки. В них «кукес» или близкие по звучанию слова могли означать «синеглазый» или «голубоглазый» — прозвище, данное человеку с редким для тех мест цветом глаз. Такая модель очень характерна: внешний признак становился семейным именем, особенно в среде, где смешивались разные этнические группы.

Однако есть и другой, не менее интересный след — еврейский. Среди ашкеназских евреев фамилия Кукес (иногда в варианте Кукес-Кукес) нередко была искусственной или «украшательной», образованной от идишского слова «кук» — «взгляд» или «смотри». В XIX веке, когда в Российской империи евреям в обязательном порядке присваивали фамилии, такие «говорящие» прозвища давали чиновники или сами носители. В этом случае Кукес могло означать «зоркий», «наблюдательный» или даже быть сокращением от красивой фразы, например, «кук ин ди велт» (смотри на мир).

Форма фамилии — без суффикса, на -с — сразу отличает её от типичных русских фамилий на -ов или -ин. Это указывает на то, что в русский язык она попала уже в готовом виде, сохранив иноязычную основу. Географически фамилия встречается и в южнорусских регионах, и в западных губерниях, где было много еврейского населения, что подтверждает двойственность происхождения.

Любопытно, что в некоторых украинских говорах «кукес» могло быть ироничным прозвищем для человека небольшого роста или с необычной походкой, но эта версия менее подкреплена письменными источниками. Таким образом, носитель фамилии Кукес может с одинаковой вероятностью вести род от тюркского «синеглазого» кочевника или от западнорусского местечкового «наблюдателя» — обе истории правдоподобны и по-своему ярки.