Фамилия Куклин образована по простой и понятной модели: к основе прозвища Куколь добавили суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Куколи). Само прозвище Куколь происходит от нарицательного «куколь», и здесь скрыта неожиданная многозначность. Куколь — это не только сорное растение с ядовитыми семенами, но и головной убор: либо монашеский клобук, либо особый капюшон, который на севере Руси использовали как накомарник. Скорее всего, прозвище Куколь получил человек, изготавливавший такие плащи-накидки (куколи) или торговавший ими — ремесло достаточно заметное, чтобы стать семейным именем. Впрочем, есть и вторая версия: «куколь» в старых говорах мог означать и куклу, и тогда прозвище относилось к мастеру-игрушечнику или, в переносном смысле, к человеку маленького роста. При образовании фамилии из прозвища Куколь закономерно выпал гласный О — это результат исторических изменений, типичных для русского языка (сравните: «орёл» — «Орлов», «козёл» — «Козлов»). Так потомок человека по прозвищу Куколь стал Куклиным. Фамилия фиксируется в разных регионах, но особенно часто встречается на севере и в центральной России, что косвенно подтверждает «северную» версию про капюшон-накомарник.