Фамилия Куклинова образована от прозвища Куклина. Слово «куклина» на русском севере называли семенные головки льна — шелуху и лузгу, остающуюся после обмолота вальком. Это прямая отсылка к занятию предка: обработке льна, одному из главных крестьянских промыслов в нечерноземной полосе. Человек мог получить такое прозвище по роду работы — например, если отвечал за очистку льна от куклины.

Есть и вторая, не менее интересная версия. В основе фамилии может лежать не «куклина», а «куколь» — слово с двойным значением. Куколь — это и сорное растение, и старинный головной убор: либо монашеский клобук, либо особый капюшон, который на севере надевали как накомарник. Прозвище Куколь могли дать тому, кто шил или продавал такие куколи, либо тому, кто постоянно носил подобный капюшон. Выпадение гласного «о» — естественный процесс при образовании фамилии: Куколь → Куклин → Куклинова.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Куклинова — «дочь/жена Куклина», где Куклин — потомок Кукли или Куколи. Фамилия редкая, с яркой региональной окраской: обе версии корня отсылают к северным говорам и традиционному укладу жизни. В отличие от более частых Куклиных, форма Куклинова — женская по происхождению, но в современном употреблении закрепилась как неизменяемая фамилия.