Фамилия Куклюгов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самое правдоподобное объяснение — она образована от прозвища Куклюг. В русских говорах слово «кукла» имело не только современное значение (игрушка), но и переносное: так могли назвать человека неопрятного, неряшливого или, наоборот, слишком нарядного, жеманного — «разряженного как кукла». Суффикс -юг- в прозвище (Куклюг) — это экспрессивный, увеличительный или уничижительный формант, характерный для северных и северо-западных говоров (ср. зверюга, работяга). Таким образом, Куклюг — это «большая кукла» или «человек, похожий на куклу» в переносном, нелестном смысле.

Притяжательный суффикс -ов в конце фамилии — стандартный для русского севера и центра: Куклюгов означает «сын Куклюга» или «из семьи Куклюга». Фамилия могла закрепиться в какой-то одной местной общине, что объясняет её редкость.

Версия о тюркском происхождении основы (например, от слова «кюклюк» — сила, мощь) возможна, но менее вероятна: фамилия строится по чисто русской модели с суффиксом -юг-, который нехарактерен для тюркских заимствований. Если бы корень был иноязычным, прозвище скорее оформилось бы как Куклуков или Куклюков, без добавочного -г-.

Встречается ли фамилия в дворянских родословных или у известных исторических лиц — сведений нет. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVII–XIX веках на севере европейской части России. Человек с такой фамилией может смело считать, что его предок выделялся среди соседей либо внешним видом, либо манерой держаться — настолько, что получил меткое прозвище, которое пережило века.