Фамилия Куклюнова — яркий пример того, как редкая словообразовательная модель может рассказать о происхождении больше, чем очевидный корень. На первый взгляд, основа «кукл-» намекает на игрушку, но в русских говорах «кукля» или «куклёнок» означало не только куклу, но и неуклюжего, неловкого человека, а иногда — закутанного, похожего на свёрток ребёнка. Прозвище Кукля или Куклюн могли дать либо маленькому, либо неуклюжему человеку. В пользу такого антропонимического сценария говорит и суффикс -онов-, который встречается реже, чем стандартные -ов или -ин. В фамилиях на -онов обычно застыла древняя форма родительного падежа множественного числа: Куклюнов буквально значит «из рода Куклюнов» или «сын Куклюна». Это указывает на то, что прозвище Куклюн было распространено в какой-то местной среде, где и закрепилось в качестве родового имени.

Версия о происхождении от слова «кукла» в значении «игрушка» менее вероятна: такие прозвища давали обычно не по профессии (кукольных дел мастер назывался кукольником), а по внешнему сходству или поведению. Если же допустить, что основа — вариант имени Куклиний (от латинского cucullus — «капюшон»), то фамилия могла возникнуть в среде духовенства, где семинаристам нередко давали искусственные фамилии по церковным праздникам или латинским корням. Но для Куклюновой это скорее экзотическая гипотеза: реальных подтверждений в церковных книгах почти нет.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России — встречается в старых переписях Вологодской, Костромской и Нижегородской губерний. Там «кукля» в местных говорах означала ещё и «кокон» или «моток ниток», что добавляет возможную ремесленную версию: прозвище могли дать прядильщику или ткачу, чья работа была связана с куклами — мотками пряжи.

Сословно носители фамилии Куклюновы чаще всего были крестьянами или мещанами, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Примечательно, что ударение в фамилии плавающее: в разных семьях говорят и Куклю́нова, и Куклюно́ва, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от канонических имён. В итоге Куклюнова — это фамилия-загадка, где за неброским корнем скрывается целый спектр возможных занятий и характеров предков.