Фамилия Кукобников — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с внешностью или характером. Несмотря на необычное звучание, её происхождение укладывается в типичную для русских фамилий модель: суффикс -ов образует притяжательное прилагательное, указывающее на принадлежность к человеку по прозвищу Кукобник. Таким образом, Кукобников буквально означает «сын Кукобника» или «потомок Кукобника».

Ключ к разгадке — слово «кукобня». В русских говорах, особенно в северных и сибирских областях, кукобней называли нечто искривлённое, сгорбленное, скрюченное. Отсюда же и глагол «кукобиться» — горбиться, сгибаться, сидеть в неудобной позе, а также переносное значение — хмуриться, быть недовольным. Прозвище Кукобник могли дать сутулому, сгорбленному человеку или тому, кто постоянно ходил с недовольным, нахмуренным видом. Вполне вероятно, что прозвище имело ироничный или добродушный оттенок, как это часто бывало в деревенской среде.

Менее вероятна, но тоже возможна связь с диалектным словом «кукобка» — так в некоторых местах называли куколку, бутон или завёрнутый предмет. В этом случае Кукобником могли прозвать человека маленького роста, щуплого или, наоборот, того, кто что-то постоянно заворачивал, упаковывал. Однако версия с «горбуном» или «ворчуном» выглядит более убедительной, поскольку корень «кук-» в значении «гнуть, кривить» встречается во многих славянских языках (ср. «кукиш», «кукарекать» — от изгиба шеи).

Фамилия Кукобников — яркий пример того, как бытовое наблюдение за человеком превращалось в его родовое имя. Носители этой фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской среды северных или центральных губерний России, где подобная лексика была в ходу. Географически фамилия крайне редкая: её можно встретить в основном на Урале и в Зауралье, куда переселенцы принесли свои говоры и прозвища. В современных базах данных Кукобниковых — единицы, что делает фамилию почти уникальной.