Оно происходит от нарицательного «куколь», которым обозначали не только сорное растение, но и головной убор: либо монашеский, либо особого рода капюшон, который на севере служит накомарником. Так, предок обладателя фамилии Куколь мог быть портным, либо торговцем одежды.