Фамилия Кукулина — женская форма фамилии Кукулин, которая образована от прозвища или нецерковного имени Кукуля. В основе лежит слово «кукуля», которое в разных русских говорах имело несколько значений: так могли называть куклу, игрушку, а в некоторых диалектах — неловкого, неуклюжего человека или, напротив, ласково — ребёнка. Встречается и версия, что Кукуля — производное от «кука» (кулак), но она менее убедительна, так как суффикс -ул- в русских прозвищах чаще указывает на уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму.

Географически фамилия Кукулин (и Кукулина) встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Архангельской, Вологодской и Костромской губерниях. Это неудивительно: в северных говорах слово «кукуля» бытовало как «куколка» или «мотылек», что могло стать прозвищем для маленького, хрупкого человека. В некоторых случаях Кукулей называли того, кто занимался изготовлением кукол или игрушек — ремесло, нечастое, но дававшее яркие фамилии.

По модели образования фамилия относится к типичному для русского ономастикона типу на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Кукулин» — сын Кукули или человек из рода Кукули. Такие фамилии чаще всего возникали в среде крестьян и посадских людей, а не дворянства, поэтому предки Кукулиных, скорее всего, были вольными или крепостными крестьянами, ремесленниками или мелкими торговцами.

Стоит упомянуть, что в некоторых источниках фамилию Кукулин связывают с тюркским корнем «куку» (кукушка) — якобы прозвище для болтливого человека. Но эта версия спорна: суффикс -ин в русской фамилии плохо сочетается с тюркским происхождением основы, а в регионах, где фамилия распространена, тюркское влияние незначительно. Поэтому более вероятно исконно русское происхождение от прозвища Кукуля.

В современном контексте фамилия Кукулина остаётся довольно редкой, но не уникальной. Её носительницы могут с полным основанием считать, что их предки жили на Русском Севере или в центральных областях, и что их фамилия — не от птицы, а от простого, но живого прозвища, которое когда-то дали человеку за его внешность, характер или занятие.