Фамилия Кукулис — редкий пример балтийского влияния в русском ономастиконе. В её основе лежит латышское слово kukula, которое имеет два основных значения: «буханка» и «гостинец». Скорее всего, прозвище Кукула, от которого и пошла фамилия, носило профессиональный характер: предок Кукулис мог быть пекарем или булочником. Вторая версия, связывающая прозвище со значением «гостинец», рисует образ щедрого и хлебосольного хозяина.

Фамилия образована по типичной для латышских фамилий модели: к основе Кукул- добавлен патронимический суффикс -ис (латыш. -is), указывающий на принадлежность — «сын Кукулы». Такая словообразовательная модель распространена в Латгалии и Земгале, что указывает на вероятные корни рода именно из этих регионов.

В России фамилия встречается редко, но не единично. В Книге памяти Архангельской области есть запись о Кукулис Екатерине Вильгельмовне, 1899 года рождения, работавшей рабочей на целлюлозном заводе. Примечательно, что она родилась в Германии — это может говорить о сложных путях миграции носителей фамилии в первой половине XX века.

В отличие от многих русских фамилий, Кукулис не имеет вариантов с суффиксами -ов или -ин, что подтверждает её иноязычное происхождение. Носители этой фамилии — потомки выходцев из Прибалтики, сохранившие в своём родовом имени память о ремесле или характерной черте предка.