Фамилия Кукурекин образована от прозвища или нецерковного имени Кукурека. В основе лежит глагол «кукурекать» — в русских говорах так называли не просто крик петуха, а саму птицу, либо человека, который подражает этому крику или имеет сходство с петухом (например, задиристый, голосистый, любящий вставать рано). В некоторых областях «кукурекой» могли прозвать долговязого или сутулого человека, чья фигура напоминала петушиную.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кукурекин буквально значит «сын Кукуреки» или «человек из семьи Кукуреки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. Если бы основа оканчивалась на согласный, появился бы суффикс -ов, но здесь работает именно «материнский» или «прозвищный» -ин.

Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Кукурека не вошло в число распространённых мирских имён, в отличие от, скажем, Петух или Соловей. Оно сохранилось в основном в северных и центральных губерниях России, где диалектная лексика была богаче. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с таким прозвищем, но массовой фамилией Кукурекин не стала.

Интересна параллель с украинской фамилией Кукуріка, которая имеет ту же основу, но другую суффиксацию. В русском варианте суффикс -ин закрепил именно патронимическое значение, тогда как в украинском чаще встречаются окончания -енко или -ук. Таким образом, Кукурекин — чисто русская, хотя и малочисленная, фамилия, прямо указывающая на прозвище предка, связанное с петушиным криком или поведением.