Фамилия Кукурин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй. Её основа — слово «кукура», но что оно означало, зависит от говора и контекста. В русских диалектах «кукурой» называли не только кукурузу (это значение пришло позже), но и шишку, комок, а также неловкого, неуклюжего человека. В южнорусских и украинских говорах «кукурикать» значило «куковать» или «ворковать», а «кукура» могла быть прозвищем ворчливого человека. Таким образом, прозвище Кукура давали либо по внешнему признаку (например, за круглую фигуру или лысую голову), либо по характеру — за ворчливость или медлительность.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Кукурин буквально значит «сын Кукуры» или «человек из рода Кукуры». Такие фамилии на -ин типичны для северной и центральной России, где они образовывались от основ на -а/-я. В южных регионах та же основа дала бы фамилию Кукуренко, а в западных — Кукурович. Встречаются и однокоренные варианты — Кукуров, Кукуркин, Кукуря, Кукурихин, но Кукурин — наиболее частотный.

Есть и менее очевидная версия, связывающая фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «кукур» или «кюкюр» означает «сизый», «голубоватый» — такое прозвище могло даваться человеку со светлыми или серыми глазами. Однако для фамилии Кукурин эта гипотеза менее убедительна: суффикс -ин типично славянский, а тюркские основы чаще оформлялись как Кукуров или Кукураев. Поэтому основная версия — прозвище из живого русского говора.

В исторических документах фамилия встречается с XVII века, в основном в рязанских, тамбовских и воронежских землях. Кукурины были крестьянами и однодворцами — это потомки служилых людей, охранявших южные рубежи. В XIX веке фамилия фиксируется и в среде мещан. Встречаются и Кукурины-дворяне, но это редкие случаи, не образующие единого рода.