Фамилия Кукурузкин — один из тех случаев, когда прозвище, данное по внешнему сходству или привычке, закрепилось в документах и стало родовым именем. В основе лежит слово «кукуруза», но не в ботаническом, а в переносном, народном значении.

Самая прямая версия: предка могли прозвать Кукурузой за какой-то бросающийся в глаза признак. Например, за редкие, торчащие в стороны зубы (кукурузные зёрна) или за необычную, «шишковатую» форму головы. В русских говорах «кукурузой» также называли не только маис, но и шишку, нарост, желвак — так что прозвище могло относиться к человеку с заметной бородавкой или шишкой на теле. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «кукурузить» — делать что-то небрежно, кое-как; тогда прозвище досталось бы нерадивому работнику.

Фамилия образована по типичной русской модели: от прозвища Кукуруза с помощью патронимического суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Кукурузкин, то есть сын Кукурузы. Это одна из самых распространённых моделей для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я.

В отличие от многих «растительных» фамилий (Капустин, Огурцов), Кукурузкин вряд ли связан с огородничеством: кукуруза как сельскохозяйственная культура широко распространилась в России лишь в XIX–XX веках, а фамилия могла возникнуть и раньше. Поэтому связь с растением — скорее вторичная, а первична — внешность или характер.

Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и южных областях России, а также на Украине. В дореволюционных списках почти не фиксируется — это говорит о том, что она либо возникла поздно, либо бытовала в среде, где фамилии закрепились не сразу (например, среди крестьян после отмены крепостного права). Известных дворянских родов с такой фамилией нет — это стопроцентно крестьянская или мещанская фамилия, и её носители, скорее всего, были простыми людьми, получившими прозвище за какую-то приметную черту.