Фамилия Кукушка — редкий случай, когда в основе лежит не крестильное имя, а прозвище от названия птицы. В славянской традиции кукушка — не просто лесная птица, а вещунья, посредник между миром живых и мёртвых. Её крик связывали с предзнаменованиями: от несчастья и пожара до замужества и даже подорожания товаров. Поэтому первое, что приходит на ум: прозвище Кукушка могли дать человеку, чем-то напоминавшему эту птицу — голосом, привычкой появляться неожиданно или, наоборот, замкнутым, «лесным» характером.

Однако интереснее другая версия. В русских говорах «кукушкой» нередко называли вдову или мать, бросившую детей. Такое прозвище закреплялось за женщиной, и тогда фамилия Кукушка оказывается метронимической — то есть образованной не от имени отца, а от прозвища матери. Это выделяет её среди массы фамилий на -ов/-ин, указывая на особую семейную историю, где главу рода определила именно женская линия.

Не стоит забывать и о ласковом обращении «кукушка» — так могли назвать женщину в шутку или с нежностью. Но в основе фамилии, скорее всего, лежит не комплимент, а либо прозвище по поведению, либо суеверное имя-оберег. Давая ребёнку «птичье» имя, родители надеялись обмануть злых духов: мол, не человек перед вами, а птица, не троньте его.

Фамилия Кукушка могла остаться и без изменений, и с типичными суффиксами — Кукушкин, Кукушков. Но форма без суффикса, как прямая фамилия-прозвище, встречается реже и указывает на более раннее закрепление, возможно, ещё в допетровскую эпоху, когда фамилии только начинали оформляться у крестьян и посадских людей.