Фамилия Кулипановы — достаточно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ов (указывающий на принадлежность, «чей?») и посмотреть на основу «Кулипан». Самая вероятная версия связывает её с диалектным словом «кулипа» или «кулипан». В русских говорах, особенно на Севере и в Сибири, так могли называть неуклюжего, мешковатого человека, либо того, кто ходит в плохой, мешковатой одежде (от «куль» — мешок). Человек получал прозвище Кулипан, а его потомки становились Кулипановыми.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с тюркским именем или прозвищем. В казахском и татарском языках есть имя Кулипан (женское), образованное от «кул» (раб, слуга) и «пан» (господин). Впрочем, для русской фамилии это скорее исключение. Основной путь — именно прозвищный, из говоров.

По словообразовательной модели фамилия типична для центральной и северной России: суффикс -ов присоединялся к прозвищу, оканчивающемуся на согласный. Сравните с однокоренными, но более частыми фамилиями: Куликов (от кулик — птица или прозвище), Кулешов (от кулеш — каша). Кулипанов стоит в этом ряду особняком из-за редкой основы. Географически фамилия встречается разрозненно, без ярко выраженного «гнезда», что тоже говорит в пользу её прозвищного, а не топонимического или «служилого» происхождения — предки Кулипановых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими уличное прозвище за внешность или манеру одеваться.