Фамилия Кулищов — редкий случай, когда корень слова не лежит на поверхности. Если отбросить фамильный суффикс -ов, остаётся основа «Кулищ». Самое прямое объяснение — прозвище от слова «кули́га». В русских говорах кулигой называли расчищенный под пашню участок леса, сенокосный луг среди леса или просто отдалённое, глухое место. Человек, получивший прозвище Кулига, мог жить на такой поляне или владеть ею. Форма «Кулищ» — это диалектный или просторечный вариант с характерным чередованием «г/ж/щ», как в парах «книга — книжица» или «луг — лужица». Таким образом, Кулищ — это тот же Кулига, но в уменьшительной или пренебрежительной огласовке.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Кулищов — «сын Кулища» или «потомок Кулища». Фамилия образована не от церковного или календарного имени, а от прозвища по месту жительства или роду занятий. В старину прозвища, связанные с землепользованием, были очень распространены: Кулигин, Куликов, Кулижников — все они одного корня, но Кулищов стоит особняком из-за нестандартной суффиксации. Человек по прозвищу Кулищ, скорее всего, был крестьянином-земледельцем, который жил на отшибе, на собственной кулиге, или же расчищал лес под пашню.

В ономастике фамилию Кулищов нередко путают с Кулишовым, но это разные корни. «Кулиш» — это жидкая каша или похлёбка (от украинского «кулеш»), и фамилия Кулишов имеет южнорусские или украинские корни. Кулищов же — вариант северный или центральный, где слово «кулига» было в ходу. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна фиксирует модель «Кулигин» как основную, но Кулищов — её более редкая морфологическая ветвь.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Кировской областям, где слово «кулига» до сих пор бытует в местных говорах. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером локального происхождения. Носитель фамилии Кулищов с высокой вероятностью имеет предков из Русского Севера или Верхнего Поволжья, где подсечно-огневое земледелие и жизнь на отдалённых участках были нормой ещё в XVII–XVIII веках.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых метрических книгах могли писать «Кулищов» и «Кулищев» через «е» — это влияние «ёкающих» говоров, где под ударением после шипящего слышится «о», а пишется «е». Современная норма закрепила написание через «о» — Кулищов.