Фамилия Кулишин образована от прозвища Кулиш. В основе лежит украинское слово «кулиш» — так называли жидкую кашу, похлёбку, которую варили из пшена, гречи или проса. Прозвище могли дать любителю такого кушанья, человеку, который его часто готовил, либо тому, кто сам был худым и жидким, как каша. По другой версии, Кулишом в некоторых говорах называли невысокого, щуплого человека — слово употреблялось в переносном, ироничном смысле.

Фамилия построена по распространённой восточнославянской модели: к основе Кулиш- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально Кулишин означает «сын Кулиша» или «из семьи Кулиша». Такая модель типична для украинских и южнорусских фамилий, образованных от прозвищ на -ш: Кулиш → Кулишин, Гриш → Гришин, Федяш → Федяшин.

Фамилия встречается преимущественно на Украине, особенно в центральных и левобережных областях, а также в приграничных регионах России — в Курской, Белгородской, Воронежской областях. Встречаемость невысокая, фамилия редкая. В польском языке есть однокоренная фамилия Kuliszyn, что указывает на возможное распространение в Речи Посполитой в XVII–XVIII веках.

Ономасты относят фамилию Кулишин к группе «кулинарных» прозвищ, которые давали людям по их пристрастию к определённой еде или по роду занятий, связанных с приготовлением пищи. В словаре украинских фамилий Ю. К. Редько упоминается прозвище Кулиш, от которого образован ряд фамилий — Кулиш, Кулишенко, Кулишевский. Кулишин — одна из патронимических форм, характерных для северных и центральных областей Украины, где преобладал суффикс -ин, а не -енко.