Фамилия Кулишины образована от прозвища Кулиш — так на юго-западе России и в Украине называли жидкую кашу, похлёбку, чаще всего пшённую. Слово «кулиш» (или «кулеш») известно в диалектах с XVIII века, и прозвище мог получить либо любитель этого сытного блюда, либо человек, который его готовил — например, походный повар или кашевар. В казачьей среде кулеш был повседневной едой, поэтому прозвище Кулиш нередко встречалось среди запорожских и донских казаков.

Фамилия построена по продуктивной модели на -ин: Кулишин — «чей?» — сын или потомок Кулиша. Такой суффикс в русских фамилиях обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или на мягкий согласный. В данном случае основа Кулиш дала именно -ин, а не -ов, что типично для фамилий, возникших в среде, где прозвище склонялось как существительное мужского рода с мягкой основой.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «кули́шить» — шалить, проказничать. В некоторых говорах «кулиш» означало также озорника или баловника. Однако основная и самая надёжная этимология — пищевая, от названия каши.

Фамилия Кулишины — не частотная. Основные очаги её бытования — южные области России (Воронежская, Ростовская, Волгоградская) и восточные регионы Украины. Встречается вариант Кулишов — он возник по той же модели, но с суффиксом -ов, что характерно для фамилий, где прозвище осмыслялось как твёрдая основа.

О точном времени возникновения фамилии судить сложно: процесс перехода прозвищ в наследственные имена шёл несколько столетий. Ясно одно: Кулишины — потомки человека, которого в быту называли по его пристрастию к простой и сытной пище или по занятию, с ней связанному.