Фамилия Кульниченко построена по той же продуктивной украинской модели, что и Иваненко или Тимошенко. Суффикс -енко в буквальном смысле означал «маленький» или «сын», поэтому исходное значение фамилии — «сын Кульника» или «потомок Кульника». Основа же Кульник — это не имя, а прозвище, которое могло возникнуть двумя разными путями, и оба они ведут в крестьянский быт.

Первая и самая прямая версия — профессиональная. В южных и центральных губерниях Российской империи словом «куль» называли большой мешок, чаще всего рогожный или мочальный. Человека, который шил такие мешки, торговал ими или постоянно носил товар в кулях, могли прозвать Кульником. Ремесло это было распространённым: в кулях возили зерно, соль, уголь, и мастер по их изготовлению был нужен в любом торговом селе или на ярмарке. Фамилия Кульниченко, таким образом, могла закрепиться за детьми такого ремесленника.

Вторая версия менее очевидна, но не менее правдоподобна. В некоторых говорах «кульником» называли не мастера, а человека, который любил наживаться за чужой счёт — то есть мошенника, хапугу или того, кто «обувает» других. Слово это родственно глаголу «кулить» (хитрить, обманывать) и существительному «куль» в переносном значении «неловкий, мешковатый человек». Если предок получил такое прозвище за характер или поступок, фамилия сохранила не ремесло, а бытовую характеристику — возможно, нелестную, но цепкую.

Географически фамилия Кульниченко тяготеет к левобережной Украине и югу России. Встречается она заметно реже, чем однокоренные Кульков или Кулешов, что говорит о более локальном бытовании прозвища. Суффикс -енко окончательно закрепился как фамильный в XVII–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне начали массово оформлять родовые имена по этой модели. Поэтому носитель фамилии Кульниченко почти наверняка ведёт род из украинской среды, где предок либо шил мешки, либо слыл хитрецом — и прозвище закрепилось за его сыном на века.