Фамилия Культепина принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в древнерусском языке он образовывал притяжательные прилагательные от слов женского рода или от мужских имён, оканчивающихся на -а/-я. Следовательно, Культепин — это «сын Культепы» или «человек из семьи Культепы».

Основа фамилии — прозвище Культепа. Его разбор требует внимания к двум корням: культ- и -теп-. Первый, скорее всего, связан с тюркским словом kult (невольник, раб) или külte (связка, пучок). Второй корень -теп- может восходить к тюркскому tepe (вершина, холм, макушка) или täp (удар ногой, пинок). Прямого значения «культепа» в современных языках нет, но в русских говорах и в тюркских заимствованиях встречается слово «култышка» — обрубок, культя, что тоже созвучно.

Наиболее правдоподобная версия: прозвище Культепа дали человеку с заметной физической особенностью — например, с короткой или повреждённой рукой (культёй) или с необычной, взлохмаченной макушкой (от тюркского «тепе» — голова, верх). В русской ономастике такие «телесные» прозвища типичны для крестьянской среды XV–XVII веков: Беспалый, Кривошея, Горбач. Фамилия Культепин могла закрепиться в районах активных контактов с тюркскими народами — в Поволжье, на Урале или в южных степях.

Встречается и более редкая версия: основа могла быть не прозвищем, а прозвищным именем-оберегом. В языческой традиции детям давали «плохие» имена (Некрас, Дурак, Культя), чтобы отогнать злых духов — считалось, что «некрасивого» ребёнка нечистая сила не тронет. Культепа в таком контексте могло быть охранительным именем.

Сословно фамилия Культепин, скорее всего, крестьянская или однодворческая. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии встречаются в основном в Курской, Воронежской и Саратовской губерниях — областях, где оседали выходцы с южных окраин и где был силён тюркский субстрат. Ударение в фамилии, вероятно, падает на второй слог: Культе́пин, что соответствует типичной модели для фамилий на -ин от основ с ударным суффиксом.