Фамилия Култышкин образована от прозвища Култышка. В его основе лежит слово «култыга» или «култыш» — так в русских говорах называли искалеченную руку или ногу, особенно если не хватало пальцев или конечность была изуродована. Прозвище Култышка, скорее всего, указывало на внешнюю особенность предка: человек мог хромать, иметь увечье или специфическую походку. Такие прозвища на Руси давали не в обиду, а для точного узнавания человека в быту — они заменяли официальное имя и передавались детям.

Слово «култышка» встречается и как диалектное название короткого, обрубленного предмета (например, огрызка карандаша или пенька), но в применении к человеку значение всегда связано с телесным недостатком. Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Култыш- добавили суффикс -к- (уменьшительный или пренебрежительный оттенок), а затем патронимический суффикс -ин, который означает «сын Култышки». То есть Култышкин — буквально «потомок того, кого звали Култышкой».

Интересно, что фамилия редкая и не встречается в списках массовых русских фамилий. По географии бытования её чаще фиксируют в центральных и северных областях России — там, где сохранились старые говоры с архаичной лексикой. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладают в южных и западных регионах, модель на -ин типична для севера и северо-востока Руси. Это косвенно указывает на возможное происхождение рода из тех мест.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Култыгин, Култышев) показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами. Култышкин — самая «ласкательная» форма, что может говорить о прозвище, данном в детстве или в кругу семьи. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные примеры разбираются как типичные для прозвищ, описывающих физические недостатки, — такие фамилии не несли негативного оттенка, а просто фиксировали примету.

Никаких документальных свидетельств о дворянском или крестьянском происхождении Култышкиных нет — фамилия не упоминается в родословных книгах. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVII–XVIII веках, когда прозвища окончательно закрепились в качестве наследственных.