Фамилия Култышкин образована от прозвища Култышка, которое восходит к нарицательному «култыга, култыш». Так называют покалеченную руку или ногу человека, лишившегося пальцев. Соответственно, прозвище Култышка указывало на определенные внешние особенности предка. Так и прозвище Култышка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Култышкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Култышка, со временем получил фамилию Култышкин.