Фамилия Култышова — женская форма, а её мужской вариант Култышов. Это относительно редкая фамилия, которую стоит разбирать с самого прозвища, лёгшего в основу: Култыш, Култышка.

Ключ к пониманию фамилии — в диалектном слове «култыш», которое в русских говорах (особенно северных и уральских) означает «беспалый, безрукий, калека» или просто «коротыш, обрубок». В. И. Даль в своём словаре фиксирует «култыш» как «безпалый, кукса, у кого нет пальца или руки». Прозвище Култыш могли дать человеку с физическим недостатком — отсутствием пальца, кисти или с искривлённой конечностью. Однако в крестьянской среде такие прозвища не всегда носили уничижительный оттенок: они могли быть простой констатацией внешней приметы, по которой человека и опознавали в деревне.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе прозвища Култыш добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей сын?» — «Култышов»). То есть Култышов — это потомок человека по прозвищу Култыш. Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что основа заканчивается на твёрдый согласный (ш). Фамилия недворянская, формировалась в среде крестьян и посадских людей — в среде, где прозвища были главным способом различения людей до введения обязательных фамилий.

Географически фамилия Култышовы встречается в основном на Русском Севере, в Поволжье и на Урале. Есть однокоренные фамилии: Култыгин, Култышев. В них тот же корень «култ-» (от «култыга», «култышка»). Интересно, что в рязанских говорах «култыш» могло означать ещё и «коренастый, плотный человек низкого роста» — это вторая возможная, хотя и менее вероятная, версия происхождения прозвища.

В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с вариантами написания (Култышов, Култышев, реже Култышовъ), что характерно для фамилий, записанных со слов малограмотных писарей. Сейчас фамилия редкая, но не исчезнувшая — её носители живут в России и странах ближнего зарубежья.