Фамилия Култышкины образована от прозвища Култышка. В его основе — нарицательное «култыга» или «култыш»: так в старых русских говорах называли покалеченную руку или ногу, лишившуюся пальцев. Прозвище указывало на внешнюю особенность предка — не на болезнь, а на заметный след от травмы или врождённого недостатка. В крестьянской среде, где физический труд был основой жизни, такое отличие быстро становилось бытовым именем, под которым человека знали соседи и односельчане.

Фамилия построена по продуктивной модели на -ин, типичной для русских фамилий от основ на -а/-я: Култышка → Култышкин → Култышкины. Форма множественного числа (Култышкины) чаще всего обозначает род в целом или всех членов семьи, живших в одном дворе.

Слово «култыш» могло иметь и переносное значение: так иногда называли коренастого, невысокого человека с грузной фигурой — «култыга» в некоторых диалектах означала короткий обрубок или чурбан. Поэтому не исключено, что прозвище отражало не физический недостаток, а плотное телосложение. Обе версии правдоподобны, но первая (связь с увечьем) встречается в ономастической литературе чаще — её приводит, например, словарь русских фамилий.

Фамилия редкая, с ярко выраженной региональной привязкой. Основные очаги — Вятка и северные районы Пермского края. Вятские говоры сохранили слово «култышка» именно в значении «кисть руки без пальцев» или «культя», что дополнительно подтверждает диалектную основу фамилии.

Безусловно, фамилия Култышкины — самобытный памятник славянской культуры. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте её происхождения можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.