Фамилия Кундакчян — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не географическое название и не род занятий в привычном для русских фамилий смысле. Её происхождение упирается в армянское слово кундак, которое имеет два значения. Первое — «приклад» (ружейный, орудийный), второе — «столб», «опора», «колода». Соответственно, кундакчи — это человек, который либо изготавливает приклады (оружейник узкой специализации), либо занимается установкой опор, столбов (плотник или строитель). Суффикс -ян (в русской записи -ян) — классический армянский патронимический показатель, означающий «из рода такого-то» или «принадлежащий». Таким образом, Кундакчян — это «сын (потомок) кундакчи», то есть человека, чьё прозвище или ремесло было связано с одним из этих значений.

Словообразовательная модель здесь необычна для русского уха, но типична для армянских фамилий, образованных от тюркских заимствований. Кундак — слово тюркского происхождения (ср. турецкое kundak — «приклад», «пелёнка», «опора»), которое вошло в армянский язык, вероятно, в период Османской империи или через персидское посредство. Прибавление тюркского суффикса деятеля -чи к заимствованному корню, а затем армянского -ян — типичный путь для фамилий ремесленников в Закавказье. Поэтому географически фамилия Кундакчян почти наверняка восходит к западным регионам исторической Армении или к армянским общинам, жившим в Османской империи.

Спор о том, какое именно ремесло имеется в виду — оружейное или строительное — не имеет однозначного решения. Оба значения кундак в армянском языке фиксируются. Однако в контексте армянских фамилий, где много примеров типа Золумчян (от золум — насилие, угнетение) или Хачатурчян (от хачатур — крестоносец), прозвище кундакчи чаще связывают именно с ремеслом: оружейник или плотник. Версия с «прикладом» выглядит чуть правдоподобнее, так как оружейное дело давало больше поводов для закрепления прозвища, чем установка столбов, но окончательного ответа нет — обе гипотезы рабочие.

В русском языковом пространстве фамилия Кундакчян встречается крайне редко. Её носители — почти исключительно потомки армянских переселенцев, в том числе из Западной Армении и Турции. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, эта фамилия сохранила архаичную модель, где суффикс -ян не склоняется по падежам в русском языке (Кундакчян, Кундакчяну, Кундакчяном). Для этимолога она интересна как пример многослойного заимствования: тюркский корень, тюркский суффикс деятеля, армянский патроним — и всё это в одной фамилии, которая в итоге оказалась в русском контексте.