Фамилия Кундерова заставляет задуматься в первую очередь о корне. В русском языке слова «кундер», «кундырь» — редкие и диалектные. В говорах Сибири и Урала «кундером» или «кундырем» называли неуклюжего, нерасторопного человека, иногда — простака или увальня. Если фамилия образовалась от такого прозвища, то предок Кундеровых получил его не в обиду, а как бытовую характеристику: «эх ты, кундер» — говорили о том, кто мешкотно работал или неповоротливо двигался. Версия правдоподобная, потому что прозвищные фамилии на -ов/-ев в крестьянской среде были массовыми и часто отражали внешность или повадку человека.

Вторая возможная основа — тюркские языки. В татарском и башкирском «күндер» означает «выделанная кожа», «сыромять», а «кундерче» — кожевник, мастер по выделке шкур. Фамилия Кундеров (а от неё женская форма Кундерова) могла возникнуть у русских, живших в Поволжье или Приуралье в соседстве с тюркскими народами, где кожевенное ремесло было распространено. В этом случае предок был скорняком или торговцем кожей. Такая версия не менее сильна: на стыке культур фамилии часто заимствовали корни, а суффикс -ов русифицировал тюркскую основу.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Кундерова — «дочь или жена Кундера». Сама фамилия в мужском роде — Кундеров. По модели образования она типична для русских фамилий, возникших от прозвищ или профессий: как Кузнецов, Плотников, но с более редким корнем.

Географически Кундеровы встречаются в основном в центральной России и на Урале, но фамилия нечастотная. В дореволюционных источниках её носители — чаще мещане и крестьяне, без связи с дворянством. Спор между «неуклюжим прозвищем» и «кожевенным ремеслом» остаётся открытым, но обе версии объясняют происхождение без натяжек. Выбирать стоит, исходя из региональных корней семьи: если предки из Поволжья — вероятнее тюркский след, если из северных или центральных губерний — прозвище.