Фамилия Кунгурин образована напрямую от названия города Кунгур в Пермском крае. Это так называемая топонимическая фамилия — её дали человеку, который был родом из этого города или жил в нём. В отличие от множества фамилий на -ов/-ев, образованных от прозвищ или крестильных имён, Кунгурин стоит особняком по суффиксу. Формант -ин здесь указывает на принадлежность: «чей?» — кунгурин, то есть житель Кунгура. Модель простая и древняя: от названия места отсекли окончание, добавили -ин, и прозвище «Кунгурин» стало фамилией.

Название города Кунгур, по наиболее принятой версии, восходит к тюркскому «кун» (солнце) и «гур» (круг, окружность) — то есть «солнечный круг». Впрочем, есть и коми-пермяцкая гипотеза, связывающая топоним с «кунг» — «глухой, тихий». Для фамилии это не принципиально: важно, что основа — географическая, а не личное имя или ремесло.

Скорее всего, предки носителей фамилии были выходцами из посадских людей, купцов или ремесленников Кунгура. Город стоял на Сибирском тракте, славился кожевенным и чайным делом, поэтому переселенцы из него расходились по всей стране. Фамилия Кунгурин встречается в основном на Урале и в Сибири, но есть и в центральных регионах — следствие миграций XIX века.

В ономастическом плане фамилия примечательна тем, что не имеет параллельных форм на -ский (Кунгурский), которые обычно давали дворянам или духовенству. Кунгурин — народный, бытовой вариант, закрепившийся за простыми сословиями. Это типичный случай, когда топоним не переделали в притяжательное прилагательное через -ский, а оставили в форме прямого указания на место жительства.