Фамилия Купин — один из примеров того, как мирское имя, данное человеку в быту, закрепилось за его родом. В основе фамилии лежит нецерковное имя Купа. Такие имена были распространены на Руси до повсеместного введения обязательных христианских имён и часто заменяли их в повседневной речи.

Слово «купа» в древнерусском языке означало «груда, куча, ворох, кипа». Отсюда идёт первая версия: прозвище Купа мог получить человек, который что-то собирал, копил или торговал товарами, сложенными в кучи. Вторая версия, менее правдоподобная, связывает это прозвище со скупым, жадным человеком — но такое значение скорее вторично и возникло как насмешка над накопителем.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе Куп- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Купин, то есть сын Купы). Эта модель характерна для фамилий, произошедших от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

О точном месте возникновения фамилии Купин говорить сложно: процесс формирования фамилий шёл несколько столетий, и однофамильцы могли появиться в разных регионах независимо друг от друга. Однако суффикс -ин, а не -ов, намекает на то, что предок носителя фамилии скорее всего был из центральной или северной части России, где такая модель преобладала.

Стоит обратить внимание, что фамилия Купин не имеет отношения к слову «купаться» или «купальня» — это случайное звуковое совпадение. Корень здесь другой, связанный с древним значением «скопление, множество».