Фамилия Куприян образована напрямую от крестильного мужского имени Куприян — народной формы канонического имени Киприан. В переводе с греческого оно означает «житель Кипра» или «кипрский». В русской традиции имя Киприан, а вместе с ним и Куприян, было распространено благодаря почитанию святых — например, священномученика Киприана, епископа Антиохийского, и мученика Киприана Никомидийского.

Словообразовательная модель здесь редкая: фамилия не имеет типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский). Она представляет собой так называемую «окаменевшую» форму имени в родительном или именительном падеже, которую закрепили как фамильное прозвание. Такие фамилии встречаются в основном в западных и южных регионах бывшей Российской империи — на Украине, в Белоруссии, а также в южнорусских областях, где влияние украинской антропонимии было сильным. В центральной и северной России скорее появились бы варианты Куприянов или Куприн.

По своему происхождению фамилия Куприян — это не прозвище и не указание на ремесло, а прямое наследование личного имени. Предок-родоначальник, скорее всего, сам носил имя Куприян, и его дети или внуки получили фамилию без дополнительных суффиксов, по южнославянской или западнорусской модели. В документах XVII–XVIII веков можно встретить и такие написания, как Купреян или Куприян, что отражает живую народную речь и варьирование гласных.

Среди однокоренных фамилий — Куприянов, Куприн, Куприков, Купреев. Все они восходят к одному корню, но различаются по способу оформления: Куприянов — самая распространённая форма, с патронимическим суффиксом -ов; Куприн — сокращённый вариант от Куприя; Купреев — возможно, от диалектного Купрей. Фамилия Куприян стоит особняком — она минимально обработана суффиксами и потому звучит архаично, почти как прямое имя.

В современной России фамилия Куприян встречается нечасто, в основном в Краснодарском крае, Ростовской области и в некоторых районах Беларуси. Носители фамилии могут проследить свои корни до крестьянских или казачьих родов, где традиция давать детям имена в честь святых была особенно сильна.