Фамилия Куприянко — украинская по модели образования, на что прямо указывает суффикс -ко. В украинской ономастике этот суффикс выполняет ту же роль, что русские -ов и -ин: он превращает личное имя или прозвище в фамилию, часто с оттенком принадлежности («чей?» — Куприянов, Куприянко). Такие фамилии особенно характерны для Поднепровья, Левобережной Украины и исторической Слобожанщины.

В основе фамилии лежит крестильное имя Куприян — народная форма канонического имени Киприан (от латинского Cyprinus — «кипрский», то есть уроженец острова Кипр). В православных святцах это имя связано со священномучеником Киприаном, епископом Антиохийским. На русской почве начальное «Ки-» часто переходило в «Ку-» под влиянием аканья и народной этимологии (сближение с «купить», «купец»), а конечное -ан дало форму Куприян.

Таким образом, фамилия Куприянко буквально означает «потомок Куприяна» или «маленький Куприян» (в уменьшительно-ласкательном значении суффикса). В реестрах Войска Запорожского и переписях Гетманщины XVII–XVIII веков встречаются носители имени Куприян, но сама фамилия фиксируется позже — в метрических книгах и ревизских сказках XIX века на территории современных Полтавской, Черниговской и Харьковской областей.

Примечательно, что в русской среде та же основа дала фамилии Куприянов и Куприн (через усечение суффикса), а в белорусской — Куприянович. Украинский вариант с -ко — один из самых распространённых в этой группе, что подтверждает его массовое бытование в крестьянской и казацкой среде, где суффикс -ко был типичным для фамилий рядовых общинников.