Фамилия Купрюхина образована от мужского прозвища Купрюха, а оно, в свою очередь, — от канонического крестильного имени Куприян. Это народная, бытовая форма имени Киприан (от греческого «Киприос» — уроженец острова Кипр). В русском языке имя Киприан упростилось до Куприяна, а затем и до Купрюхи. Суффикс -юх- в данном случае имеет уменьшительно-ласкательное или пренебрежительное значение, как в словах «тетёха», «золотуха». Таким образом, Купрюха — это «маленький Куприян» или просто обиходное обращение к человеку по имени.

Фамилия закрепилась с типичным русским патронимическим суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей сын?» — Купрюхин, то есть сын Купрюхи. Женская форма Купрюхина — это вариант по мужу или отцу, распространённый в русской традиции.

Интересная деталь: в отличие от более частотных фамилий Куприянов или Куприн, форма Купрюхин встречается реже. Она характерна для регионов, где в диалектах или просторечии было принято «укорачивать» полные имена до форм на -юха. Такие фамилии чаще встречались в северных и центральных губерниях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Ярославской областях. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели описываются как типичные для крестьянской среды, где имя Куприян в быту почти всегда заменялось на Купрю.

Что касается социального происхождения, то носители фамилии Купрюхины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано — это «чистая» народная фамилия, возникшая в среде, где отчество по отцу было важнее сословного статуса.

Ошибочно связывать фамилию с глаголом «купить» или словом «купорос» — это случайное звуковое совпадение. Основа здесь только личное имя, и никакого отношения к торговле или химии она не имеет.