Фамилия Купрюхины образована от имени Купрюха — одного из народных, разговорных вариантов крестильного имени Куприян. В церковном календаре это имя соотносится с греческим Kyprianos, то есть «житель Кипра». Таких «обрусевших» форм в русской традиции много: Куприк, Купрей, Купря и, в том числе, Купрюха. Суффикс -ин в фамилии Купрюхин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Купрюхи, потомок человека, которого в быту звали именно так.

Словообразовательная модель здесь простая и распространённая: основа Купрюх- плюс патронимический суффикс -ин. Такие фамилии (Ильин, Фомин, Кузьмин) в XVI–XVII веках массово закреплялись за крестьянами и посадскими людьми в северных и центральных уездах России. Купрюхины, скорее всего, не были дворянами: фамилии на -ин реже встречаются среди знати, зато типичны для сельского и ремесленного населения.

Любопытная деталь: в говорах слово «купрюха» могло звучать иронично или ласкательно. Имя Куприян в народе нередко переделывали до неузнаваемости — например, в Куприк или Купряшка, а форма Купрюха встречается в писцовых книгах XVII века. Это значит, что фамилия могла возникнуть независимо в разных местах, а не в одной конкретной точке.

О точном времени появления фамилии Купрюхины говорить сложно — процесс шёл постепенно, и окончательно фамилии утвердились лишь к XIX веку. Однако само имя Куприян было хорошо известно на Руси благодаря святому Киприану, епископу Карфагенскому, так что основа для фамилии была повсеместной.