Фамилия Купрюнин — одна из тех русских фамилий, где не сразу угадаешь исходное слово. На слух она кажется производной от «куприн» или «куприя», но суффикс -ин указывает на принадлежность: Купрюня — чей? — Купрюнин. Значит, в основе лежит прозвище или уменьшительное имя Купрюня.

Самая вероятная версия — связь с крестильным именем Куприян (народная форма канонического Киприан, от лат. Cyprianus — «кипрский»). В русской традиции имя Куприян давало множество производных: Куприк, Купря, Купряша, а также Купрюня. Суффикс -юня характерен для ласкательно-уменьшительных форм (сравните: Васюня от Василий, Петюня от Пётр). Таким образом, Купрюня — это домашнее, семейное прозвище человека по имени Куприян. Фамилия Купрюнин, соответственно, означает «сын Купрюни» или «потомок Купрюни».

Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с диалектным словом «куприна» или «купринка» (кудри, завиток волос, иногда — пучок льна). В таком случае Купрюней могли прозвать кудрявого человека или того, кто обрабатывал лён. Однако эта версия уступает первой по частотности: именные фамилии на -ин в центральной России встречаются гораздо чаще прозвищных.

Фамилия редкая, её географическое ядро, судя по данным переписей и архивов, — Владимирская, Нижегородская и Костромская области. Это зона бытования имени Куприян и его производных. Встречаются также варианты написания Купреюнин и Купрянин, но Купрюнин — основной.

В сословном плане носители фамилии, скорее всего, крестьяне или мещане. Фамилия образована по простой патронимической модели, без дворянских суффиксов (-ский, -ской), что типично для непривилегированных слоёв. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией нет, что для редкой фамилии нормально: её ценность не в громкой славе, а в сохранении памяти о конкретном роде и его родоначальнике Купрюне.