Фамилия Купрюшкина — редкий пример, где за основу взята не полная, а уменьшительно-ласкательная форма имени. В её центре лежит просторечное имя Купрюшка, которое образовали от канонического крестильного имени Куприян (церковная форма — Киприан). С греческого языка это имя переводится как «житель Кипра». Отсюда же пошли более распространённые фамилии Куприянов, Куприн и Купреев, но суффикс -ушк- в основе Купрюшкина встречается гораздо реже и указывает на то, что прозвище или домашнее имя было образовано в народной, бытовой среде.

Скорее всего, основатель рода Купрюшкиных был выходцем из простого сословия. В крестьянской и мещанской среде полные имена часто заменяли ласковыми или сокращёнными формами, которые затем закреплялись как фамилии. Одним из небесных покровителей этого имени считается святой мученик Киприан Карфагенский — епископ, живший в III веке, что добавляет имени христианский контекст.

Существует и другая версия происхождения фамилии — от прозвища Купрюшка, связанного с нарицательным «купрей» (дикий бык). В этом случае прозвище могли дать своенравному, упрямому или физически крепкому человеку. Однако эта версия менее вероятна: слово «купрей» в русских говорах почти не встречается, в то время как имя Куприян и его производные были широко распространены на всей территории России. Таким образом, вариант от имени Купрюшка выглядит более надёжным.

Фамилия Купрюшкина — женская форма, образованная по типичной русской модели через притяжательный суффикс -ин- (Купрюшкин → Купрюшкина). Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, но точной географической привязки к одному уезду или области не имеет. Это говорит о том, что носители фамилии расселились достаточно широко, но остались малочисленной группой.