Фамилия Купрюшины происходит от имени Купрюша — народной, разговорной формы крестильного имени Куприян. Имя Куприян, в свою очередь, восходит к латинскому Киприан (Cyprianus), что означает «житель острова Кипр». Такое имя давали в честь святого Киприана, память которого почитается в православной традиции. Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище или ремесло, а церковное имя, которое в быту сократили до более удобного и короткого Купрюша.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Купрюшины — это буквально «дети Купрюши». Такая модель образования фамилий (от имени отца с помощью притяжательного суффикса) была одной из самых распространённых на Руси в XVI–XVII веках, особенно среди крестьян и посадских людей. Поэтому Купрюшины — типичная «патронимическая» фамилия, каких тысячи, но с довольно редкой основой.

Имя Куприян в народе имело много вариантов: Куприян, Купрей, Купря, Купрюха. Форма Купрюша с характерным суффиксальным смягчением (-юш-) встречается реже, чем, скажем, Купря или Куприк. Это делает фамилию Купрюшины более локальной: скорее всего, она закрепилась в какой-то одной местности и не получила широкого распространения по всей России. В современных телефонных справочниках и базах данных Купрюшины встречаются эпизодически, что подтверждает редкость исходного имени.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий у крестьян растянулся на несколько столетий, а письменные источники по отдельным родам часто скудны. Однако очевидно, что Купрюшины — не дворянская фамилия, а фамилия крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где имя Куприян было привычным, а суффикс -ин — естественным способом назвать семью по отцу.