Фамилия Купрюшин образована от просторечной формы крестильного имени Куприян. В основе лежит имя Купрюша — так в народе называли мужчин, носивших полное церковное имя Киприан (восходит к латинскому Cyprianus, «кипрский»). Такая модель — усечение имени с добавлением суффикса -юш- — типична для русских обиходных форм: Купрюша, Афонюша, Ванюша. А суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «сын Купрюши» или «из семьи Купрюши».

Интересно, что имя Киприан в старину не было редким, но в крестьянской и мещанской среде чаще использовали именно его народные варианты — Куприян, Куприй, Купря. Фамилия Купрюшин закрепилась, скорее всего, в центральных и южнорусских губерниях, где были распространены говоры с «яканьем» и смягчением согласных. В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные фамилии Куприянов, Куприн, Купреев, но Купрюшин стоит особняком благодаря редкому суффиксу -юш-: он придаёт фамилии отчётливый оттенок ласкательности, словно предка звали не просто Купрёй, а именно Купрюшей — дома, по-свойски.

Таким образом, предок носителей фамилии Купрюшин был человеком, которого в быту звали Купрюша, а его дети и внуки со временем стали писаться как Купрюшины. Фамилия не указывает на сословие или род занятий — только на имя, и это обычный путь для русских фамилий, образованных от крестильных имён.