Фамилия Курдынко закрепляет за своим носителем прозвище Курдын. В основе этого прозвища, скорее всего, лежит этноним — указание на народность курдов. Предок мог быть курдом по происхождению или же просто походить на них внешностью, манерами, привычками или одеждой. Однако есть и другая версия: прозвище Курдын могло относиться к «профессиональным» именованиям. Тот, кого так называли, мог заниматься разведением овец — занятием, традиционно связываемым с курдскими племенами. Таким образом, в прозвище могли переплестись и этническая, и хозяйственная характеристика человека.

Сама фамилия образована по распространенной в украинской ономастике модели с суффиксом -ко. Этот суффикс часто указывал на принадлежность или родство: потомок человека по прозвищу Курдын получал фамилию Курдынко. Такая словообразовательная модель типична для фамилий, возникших на территориях современной Украины и Беларуси. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев или -ин, где преобладает притяжательное значение («чей?»), суффикс -ко вносил оттенок уменьшительности или сыновней связи, хотя со временем закрепился как фамильный показатель.

Прозвище Курдын встречается в письменных источниках XVII века. Например, в реестре Войска Запорожского 1649 года упоминается казак Курдын. Это подтверждает, что прозвище бытовало в среде запорожских казаков и могло принадлежать человеку, отличившемуся на военной службе или в походах. Следовательно, родоначальник фамилии Курдынко мог быть выходцем из казачьей среды, что добавляет фамилии исторический контекст, связанный с вольными военными сообществами южнорусских земель.