Фамилия Курганников (женский вариант — Курганникова) ведет происхождение от прозвища Курганник. В его основе лежит слово «курган», которое пришло в русский язык из тюркских наречий, где означало «укрепление», «крепость». Тюркский корень qur — «ставить, устраивать, располагать» — указывает на искусственное происхождение насыпи. Прозвище Курганник, скорее всего, закрепилось за человеком, который жил на кургане или рядом с ним. В ономастике такой способ именования называют географическим, или топонимическим: место жительства становилось отличительным признаком человека, а затем и фамилией.

Модель образования фамилии — типичная для русского языка: прозвище на -ник (Курганник) плюс патронимический суффикс -ов. В итоге Курганников — «сын Курганника». Суффикс -ник в прозвищах нередко указывал на связь с местом (как, например, в фамилиях Городничий, Заречин), поэтому версия о «жителе кургана» выглядит убедительнее, чем гипотетические варианты, связывающие фамилию с ремеслом или именем.

Фамилия относится к числу редких. Встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, где курганы — характерная деталь ландшафта. В документах XVII–XVIII веков фамилия не зафиксирована, что говорит о более позднем, скорее всего, крестьянском или мещанском происхождении.