Фамилия Курганникова образована от прозвища Курганник, а оно, в свою очередь, восходит к слову «курган». Вопреки распространённому мнению, связь здесь не с русским словом, а с тюркским заимствованием: из татарского языка, где «курган» означало «укрепление, крепость». В основе лежит тюркский глагол qur — «ставить, устраивать, возводить». Так что исходный смысл прозвища — «человек, живущий на кургане» или, возможно, «тот, кто имеет отношение к древнему укреплению».

Прозвища по месту жительства — один из самых древних и естественных способов идентификации человека в сельской общине. Курганом называли и искусственную насыпь, и естественный холм, и древний могильник. Поэтому прозвище Курганник мог получить как житель деревни, стоящей на возвышенности, так и человек, поселившийся рядом с заметным в округе курганом. Со временем это бытовое именование закрепилось за родом, и потомки Курганника стали Курганниковыми.

С точки зрения словообразования фамилия типична для русского ономастикона: суффикс -ник указывает на носителя признака (ср. Путник, Садовник), а окончание -а — на женскую форму фамилии, которая в русской традиции передаётся по мужской линии. Мужской вариант — Курганников.

Фамилия редкая, географически привязана к южным и юго-восточным регионам России, где курганы — характерная деталь ландшафта. Встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири, куда фамилия могла попасть с переселенцами. В дореволюционных источниках Курганниковы фиксируются среди государственных крестьян и мещан — сословий, где прозвищные фамилии были особенно распространены.