Фамилия Кургатенко — характерный пример восточноукраинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означавший в XVI–XVII веках «маленький» или «сын», стал главным маркером украинской антропонимии. В основе фамилии лежит прозвище Кургат, которое, скорее всего, происходит от слова «курган» — насыпной холм, древняя могила или пограничный знак. В украинских говорах «кургат» могло означать человека, живущего у кургана, или того, кто сам похож на невысокий, плотный холм — коренастого, приземистого.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает прозвище с глаголом «кургати» (в некоторых диалектах — кряхтеть, ворчать, издавать глухие звуки). Тогда Кургат — человек с тяжёлой походкой или неразговорчивый, брюзгливый. Однако географическая привязка к курганам как к элементам ландшафта выглядит убедительнее: фамилия сконцентрирована на территории исторической Полтавщины и Слобожанщины, где курганов особенно много.

По сословному происхождению Кургатенко — типичная казацкая или крестьянская фамилия. В реестрах Войска Запорожского и в метрических книгах XVIII–XIX веков такие фамилии на -енко фиксировались в первую очередь у свободных военных поселенцев, а не у шляхты. Фамилия не получила широкого распространения за пределами Украины и осталась локальной, что говорит о её относительно позднем оформлении — вероятно, в конце XVII — начале XVIII века, когда фамилии на -енко стали массово вытеснять более древние прозвищные формы.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Курганов — это русифицированный вариант, который мог появиться при переносе на русскую почву, а Курганский — топонимическая фамилия, указывающая на выходца из населённого пункта Курган. Кургатенко же сохраняет именно уменьшительно-патронимический оттенок: «малый Кургат» или «сын Кургата». В современных базах фамилия встречается редко, что делает её интересным объектом для генеалогического поиска — каждый носитель, скорее всего, связан с узким кругом родовых гнёзд на левобережье Днепра.