Фамилия Курилко ставит перед исследователем выбор между двумя разными корнями — церковным именем и бытовым прозвищем. Первая, более вероятная версия связывает её с крестильным именем Кирилл (от греческого kyrillos — «маленький господин»). В народной речи имя давало множество производных форм, и одна из них — Курил, с утратой начального «ки-» и заменой на «ку-». От этого Курил и появилась фамилия с типичным для украинской, белорусской и южнорусской традиции суффиксом -ко, который в данном случае означает «сын Курила» или «потомок Курила». То есть Курилко — это буквально «маленький Курил», как Ивашко от Иван или Федько от Фёдор.

Вторая гипотеза отталкивается от прозвища Курилка, связанного с глаголом «курить». Однако в старину у этого слова был иной, не табачный смысл: «курить» означало «бедокурить, проказить, шалить по легкомыслию». Соответственно, Курилкой могли прозвать непоседливого человека, забияку или шалуна. Прозвище закреплялось за родом, и его потомки получали фамилию Курилко.

Обе версии имеют право на существование, но первая — от имени Кирилл через форму Курил — встречается в ономастике чаще. В пользу этого говорит и то, что фамилия с суффиксом -ко характерна для территорий, где имя Кирилл было распространено с древности, а прозвище Курилка в значении «шалун» — более редкое и локальное явление. Спор между двумя корнями — не редкость для русских фамилий, и здесь он решается в пользу имени, хотя полностью исключать прозвищный вариант нельзя.