Фамилия Курнушкины — редкий случай, когда основа слова почти наверняка говорит о физической особенности предка. В её центре лежит диалектное слово «курносый». В русских говорах «курносым» называли человека с коротким, вздёрнутым носом. Прозвище Курноска или Курныш (уменьшительная форма) было очень распространено в крестьянской среде — оно давалось по самому заметному признаку и не несло оскорбительного смысла, скорее было бытовым идентификатором.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я (Курноска → Курноскин). Но вариант Курнушкин — результат двойной суффиксации: сначала от «курносый» образовали прозвище Курнушка (с ласкательным суффиксом -ушк-), а уже от него — фамилию с притяжательным суффиксом -ин. То есть Курнушкины — буквально «чьи?» — принадлежащие человеку по прозвищу Курнушка.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне Курносовы, Курноскины, Курнышовы — все из одного гнезда. Курнушкины — более редкий вариант, сохранившийся, вероятно, в тех местах, где местный говор «якал» или смягчал окончания (Курнушка вместо Курноска).

В отличие от фамилий, образованных от имени (Иванов) или профессии (Кузнецов), Курнушкины — яркий пример «прозвищной» фамилии, которая закрепляла за родом внешнюю примету. Со временем прозвище утратило прямую связь с носом конкретного человека, но осталось в фамилии как память о том, что предок был «курносым» — и это слово в ту эпоху звучало нейтрально, а не обидно.