Фамилия Курнушко — характерный пример украинской модели фамилий на -ко, где этот суффикс изначально выполнял уменьшительную или «сыновью» функцию, то есть буквально означал «маленький Курнуш» или «сын Курнуша». В основе лежит прозвище Курнуш, которое, скорее всего, происходит от украинского прилагательного «курній» — пыльный, дымный, закопченный. Так могли прозвать человека, чья работа или быт были связаны с дымом и сажей: печника, кузнеца, углежога или просто того, кто жил в курной избе (топившейся «по-черному», без трубы). В украинских говорах слово «курнути» также означает «задымить», «пыхнуть дымом», что усиливает связь прозвища с дымным ремеслом или характерным внешним видом — перепачканным сажей лицом.

Поскольку фамилия образована по продуктивной украинской модели (сравните: Грыць — Грыцько, Степан — Степанько), она указывает на восточноукраинское или южнорусское происхождение рода. Фамилии с суффиксом -ушк- (Курнушко) встречаются реже, чем с -енк- или -ук-, что делает её менее типичной, но при этом более архаичной по звучанию. Прозвище Курнуш, вероятно, закрепилось за родоначальником как основное имя, вытеснив крестильное, что было обычной практикой в казацкой среде XVII–XVIII веков, где прозвища нередко становились официальными фамилиями.

Если отбросить версию с дымом, существует менее вероятное, но возможное объяснение: связь с диалектным «курносый» (вздёрнутый нос). Однако украинская основа «курній» (пыльный) фонетически и семантически ближе к форме «Курнуш», чем русское «курносый», которое дало бы скорее вариант «Курносов» или «Курносенко». Таким образом, версия с дымом и сажей остаётся основной.