Фамилия Курнышкин образована по стандартной русской модели «основа + -ин», где суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — сын Курнышки. Основа здесь — прозвище или мирское имя Курнышка. Это уменьшительно-уничижительная форма от слова «курныш». В русских говорах «курныш» — невысокий, приземистый человек (от «курносая» или «кургузая» фигура) либо, в ряде регионов, так называли того, кто «курится», то есть коптится или плохо пахнет. Есть и вторая, более конкретная версия: в диалектах «курныш» означало глиняный горшок для топлёного масла или небольшой кувшин — прозвище могли дать гончару или торговцу посудой.

Словообразовательный анализ показывает, что фамилия Курнышкин — не от названия птицы или животного, а от прозвища по внешности или занятию. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов на -а/-я (Курнышка → Курнышкин), что роднит её с такими фамилиями, как Козин или Птицын, но в данном случае основа гораздо реже встречается в ономастике.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям. В переписных книгах XVII–XVIII веков Курнышкины фиксировались в Тульской, Рязанской и Воронежской губерниях — зонах, где слово «курныш» бытовало в значении «коротышка» или «горшок». Встречается она и у староверов, что может указывать на консервацию прозвища в замкнутых общинах.

Интересная деталь: в отличие от более популярной фамилии Курносов (от «курносый»), Курнышкин имеет суффикс с оттенком уменьшительности. Это намекает, что прозвище давали не просто за курносость, а за некую «курнышковатость» — мелковатость или неопрятность. В современном русском языке фамилия редкая, и её носители — потомки крестьянского или ремесленного сословия, получившие фамилию по уличному прозванию предка.