Фамилия Курнышова — женская форма фамилии Курнышов, а та, в свою очередь, образована от прозвища Курныш. В основе этого прозвища, скорее всего, лежит тюркское слово, и здесь есть две основные версии.

Первая и самая конкретная связывает прозвище с турецким словом kurna — «небольшое углубление под краном в бане». В таком случае Курнышом называли либо банщика по роду занятий, либо завзятого любителя попариться. Это бытовое, «профессиональное» прозвище, каких много среди старых русских фамилий тюркского происхождения.

Вторая версия отсылает к турецкому kurnaz — «хитрый, лукавый, проныра». Если принять её, то прозвище Курныш характеризовало не ремесло, а склад ума или поведения предка. Обе гипотезы лингвистически правдоподобны, но первая встречается в ономастических работах чаще — как более прозрачная по словообразовательной модели: суффикс -ыш в тюркских заимствованиях нередко давал прозвища от конкретных предметов.

Сам суффикс -ов в фамилии Курнышов — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Курныша). Такая модель была основной при оформлении прозвищ в фамилии в XVI–XVII веках, особенно в среде служилых людей и крестьян центральной России, куда тюркские прозвища проникали через контакты с татарами, башкирами и другими народами.

Фамилия редкая, её географическое ядро — Поволжье и южные регионы России, что косвенно подтверждает тюркскую основу: именно в этих местах русско-тюркское языковое соседство было наиболее интенсивным. Встречается также вариант написания с одной «н» — Курнышов, но это скорее следствие упрощения в документах, а не отдельная фамилия.