Фамилия Курнышов образована от прозвища Курныш. Чаще всего его связывают с турецким словом kurna — «небольшое углубление под краном в бане». Если эта версия верна, прозвище могло закрепиться за банщиком или за постоянным посетителем бани, для которого это место было частью повседневного быта. Тюркское происхождение основы не редкость для южнорусских и казачьих фамилий, где контакты с носителями тюркских языков были особенно плотными.

Есть и другое объяснение: от турецкого kurnaz — «хитрый, лукавый». В этом случае прозвище Курныш указывало бы на склад характера или манеру поведения предка. Обе версии лингвистически состоятельны, хотя первая, с конкретным ремесленным значением, выглядит чуть более вероятной: прозвища по профессии в крестьянской среде встречались чаще, чем психологические характеристики.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Курныш добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Курныша» или «потомок Курныша». Со временем форма закрепилась, и сегодня носители фамилии Курнышов встречаются в разных регионах, хотя наибольшая концентрация традиционно фиксируется в Поволжье и на юге России — именно там, где тюркские заимствования входили в обиходную речь особенно активно.