Фамилия Курнишов — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти наверняка. Она явно связана с Курской областью или соседними чернозёмными районами России. В основе лежит топоним Курниша — так могло называться небольшое село, хутор или урочище. Такие названия часто встречаются в курских говорах: курниша — это не просто «курянка», а жительница определённой местности, возможно, даже прозвищное имя женщины.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии получил её не по отцу, а по матери или по месту, откуда родом. Суффикс -ов указывает на притяжательность: «чей?» — Курнишов, то есть «сын Курниши» или «человек из Курниши». В русской ономастике это стандартная модель для фамилий от прозвищ на -а, -я. Если бы основа была мужской (Курниш), фамилия звучала бы так же, но женский вариант прозвища в роли родоначальника — не редкость для южнорусских областей, где матронимы (фамилии по матери) встречаются чаще, чем в средней полосе.

Другая, менее вероятная версия — связь с диалектным словом «курныш». В некоторых говорах так называли короткую трубку для курения или человека, который постоянно курит. Но тогда фамилия писалась бы через Ы: Курнышов. Разница в одной букве, но она принципиальна: фамилии от прозвищ на -ыш (Курныш, Малыш, Голыш) обычно сохраняют эту гласную. Вариант с И (Курнишов) прочнее привязывается к женскому имени или топониму.

Сословный состав носителей фамилии, судя по архивным данным XIX века, — преимущественно крестьяне и однодворцы Курской и Орловской губерний. Однодворцы — потомки служилых людей, которые жили на южных рубежах России и со временем слились с крестьянством. Это объясняет, почему фамилия не ушла далеко от Курщины: земельные наделы и прикрепление к месту службы удерживали людей на одной территории веками.

Фамилия Курнишов не имеет отношения к тюркским корням, несмотря на формант -ов, свойственный многим народам. Это чисто русская, местная фамилия, и её главная «изюминка» — в букве И, которая выдаёт происхождение от названия населённого пункта или женского прозвища, а не от курительной трубки.