Фамилия Курсаненко образована по той же модели, что и Иваненко, то есть буквально означала «сын Курсана». В основе лежит прозвище или нецерковное имя Курсан. Его корень — «курс», которое в южнорусских и украинских говорах имело значение «петух». Соответственно, Курсан — это человек, которого в округе прозвали Петухом: возможно, за драчливый нрав, громкий голос или манеру держаться с вызовом. Прозвища по птицам были широко распространены в славянской среде, и «петушиная» линия здесь одна из самых логичных.

Суффикс «-енко» — типичный для украинской и южнорусской антропонимии патронимический формант. В XVII–XVIII веках на территории современной Украины и прилегающих областей России фамилии с «-енко» закреплялись за казаками, мещанами и крестьянами. Если бы фамилия возникла севернее, она, скорее всего, приняла бы форму Курсанов или Курсанин. Таким образом, географически фамилия Курсаненко тяготеет к левобережной Украине — Черниговщине, Полтавщине, Слобожанщине.

Есть и менее очевидная версия: основа «курс» могла быть связана не с птицей, а с латинским «cursus» (бег, путь) или через польское посредничество с обозначением учебного курса. Но в народной среде, где складывались фамилии, слово «курс» в отвлечённом значении было редкостью, а вот прозвище Петух — повседневная реальность. Поэтому версия с «петухом» выглядит убедительнее.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, родоначальник был известен в пределах одного села или волости. В современных базах данных носители Курсаненко встречаются в основном в центральных и восточных областях Украины, а также в приграничных регионах России.