Фамилия Куртонина — женская форма фамилии Куртонин, а та, в свою очередь, образована от мужского прозвища Куртоня. Главная загадка здесь — корень. Скорее всего, в основе лежит слово «куртый» — в говорах так называли короткий, куцый предмет или одежду. В псковских и тверских диалектах «куртый» значило «обрубленный, короткий», а «куртонить» — делать что-то коротко, неумело. Прозвище Куртоня могли дать человеку невысокого роста, либо тому, кто носил короткую, не по обычаю, одежду, либо просто нерадивому работнику, который всё делал «курто» — на скорую руку и плохо.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «сын Куртони» или, в женском варианте, «дочь (жена) Куртонина». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где -ин было самым распространённым патронимическим суффиксом. Географически фамилия редкая, её очаги — скорее всего, Псковщина, Тверская область или северо-запад, где корень «курт-» встречается в местных говорах и топонимах (например, деревни Куртово).

Существует и менее вероятная версия: связь с финно-угорским «kurttu» (морщина, складка) или карельским «kurttu» (кривой, согнутый), что тоже могло стать прозвищем по внешности. Но для фамилии, записанной в русской форме, диалектное русское объяснение выглядит правдоподобнее — оно не требует допущений о заимствовании, когда есть прямой семантический ряд в местной речи.

В любом случае, предок носительницы фамилии был человеком с заметной особенностью — либо низкорослый, либо носивший короткую одежду, либо известный своей торопливой, небрежной работой. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или посадская, и её редкость говорит о том, что род был локальным, не разошедшимся широко по стране.