Фамилия Куртынина образована от мужского прозвища Куртына с помощью типичного русского патронимического суффикса -ин. В основе лежит слово «куртыш» или «куртышка» — так в старых русских говорах (особенно на северо-западе, в псковских и новгородских землях) называли коротышку, низкорослого человека, а иногда и короткую одежду или обрубок чего-либо. Прозвище Куртына, скорее всего, получил невысокий или плотный мужчина, и фамилия пошла от его детей: «чей сын? — Куртынин».

Интересная деталь: в отличие от множества фамилий на -ин, образованных от имен на -а/-я (Гаврила — Гаврилин, Фома — Фомин), Куртынин отталкивается именно от прозвищной формы, а не от крестильного имени. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был известен в своей общине не по церковному имени, а по бытовой характеристике — внешности или поведению. По той же модели возникли фамилии Коротыгин, Малыгин, Коротаев, но Куртынин стоит несколько особняком из-за редкости корня «курт-» в литературном языке.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Куртынину пытаются приписать тюркские корни, связывая с татарским «курт» — волк (ср. Курт, Куртов). Но это маловероятно: суффикс -ина в таком случае был бы нетипичен для русской адаптации тюркских фамилий, где обычно появляется -ов/-ев (Куртов). Кроме того, в русских говорах слово «куртыш» хорошо зафиксировано, и фамилия естественно вписывается в ряд прозвищных фамилий северо-запада России. Географически Куртынины чаще встречаются в Псковской, Новгородской и Тверской областях — это косвенно подтверждает диалектную версию.

Социальный состав носителей был, скорее всего, крестьянским или посадским. Фамилия не встречается в родословных книгах дворянства, а её простота и прямая связь с прозвищем указывают на непривилегированное происхождение. В современных справочниках фамилия фиксируется как редкая, с концентрацией в центральных и северо-западных регионах России.