Фамилия Кущин — редкий случай, когда основа почти наверняка говорит о месте жительства предка, а не о его имени или занятии. В её основе лежит слово «куща» — так в древнерусском языке называли шалаш, хижину, укрытие из веток или просто бедное жильё. Человек, живший в такой постройке, получал прозвище Куща, а его потомки — фамилию Кущины. Модель образования проста и типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть буквально «сын Кущи».

В отличие от большинства фамилий на -ин, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов, но Иванин встречается реже), Кущин происходит не от личного имени, а от прозвища, причём с ярко выраженным бытовым оттенком. Это сближает её с фамилиями вроде Шалашов или Хижин, но «куща» — слово более древнее и сегодня почти ушедшее из живого языка, кроме церковнославянского оборота «кущи райские». В некоторых говорах «куща» могла означать также густую заросль, чащу, что даёт вторую, менее вероятную, версию: прозвище могли дать человеку, жившему в глухом лесу.

Географически фамилия не привязана к одному региону, но чаще встречается в центральных и южных областях России, где слово «куща» сохранялось дольше. Встречается вариант Кущев — более поздняя форма с типичным суффиксом -ев, который мог вытеснить -ин под влиянием других фамилий. В целом, Кущин — это фамилия-указатель на социальный статус или образ жизни предка: скорее всего, он был небогатым крестьянином, лесным жителем или даже временным поселенцем, жившим во временном укрытии.