Фамилия Кущенко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, характерным прежде всего для украинской ономастики. Этот суффикс указывал на родство по отцу: Кущенко — буквально «сын Куща» или «потомок Куща». Основа фамилии — прозвище Кущ.

Прямое значение прозвища связано со словом «куща» — в древнерусском языке так называли сень, шалаш, навес из ветвей, а также густой кустарник или заросли. Человек мог получить такое прозвище по месту жительства: например, живущий в глухой, заросшей местности, у лесной чащи. Не исключён и переносный смысл: в говорах «куща» иногда обозначала нечто скрытое, уединённое, так что прозвище могло закрепиться за человеком нелюдимым или ведущим отшельнический образ жизни.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в северных и центральных русских землях, фамилии на -енко типичны для Украины, юга России и Беларуси. Кущенко — одна из тех фамилий, где суффикс сохранил прозрачную связь с прозвищем-основой. Со временем прозвище Кущ вытеснило крестильное имя и закрепилось в документах как родовое имя, а затем, с добавлением патронимического суффикса, дало фамилию Кущенко.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Кущев, Кущ, Кущевой, — то Кущенко стоит особняком именно из-за суффикса, который указывает не на принадлежность («чей?»), а на происхождение («чей сын?»). Встречается фамилия и в вариантах с разным ударением, но исходная форма — от прозвища Кущ — остаётся основной версией для этимологов.